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La nécessité de les ordonner et de les classer se faisant de plus en plus
pressante, vers la fin du siècle, Ulisse Aldrovandi (1522-1605), professeur à
l’université de Bologne, a donc publié une œuvre monumentale en dix vo-
lumes, où il proposait une classification des animaux, divisée en deux grandes
sections, les animaux à sang rouge, et les autres. Une subdivision qui corres-
pondait plus ou moins à celle d’Aristote, encore utilisée à cette époque.
Les 16 et 17 siècles virent ensuite la parution d’autres œuvres mar-
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quantes, parmi lesquelles l’encyclopédie zoologique de Konrad von Ges-
ner (1516-1565) et l’œuvre, scientifiquement moins probante, de J. John-
son (1603-1675). Une contribution majeure de classification fut aussi celle
de John Ray (1627-1705), qui, dans un ouvrage de 1693, établit un schéma
de classification fondé sur des critères anatomiques plus clairs, et qui con-
tribua à mieux définir la notion d’espèce, en introduisant le critère de des-
cendance commune des individus d’une même espèce.
Au 17 siècle, commencèrent à apparaître de nouvelles disciplines qui
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diversifiaient utilement la zoologie, à savoir la microbiologie, l’embryolo-
gie, et l’histologie. Leurs directions de recherche, renforcées par l’introduc-
tion du microscope dans les études naturalistes, marquaient une autonomie
justifiée par le travail fécond des grands pionniers scientifiques de cette
époque. Parmi ceux-ci, on peut distinguer le médecin et naturaliste Mar-
cello Malpighi (1628-1694), auquel on doit la naissance de l’anatomie mi-
croscopique (avec la première étude anatomique complète d’un invertébré,
le ver à soie), et on peut distinguer aussi Antony Van Leeuwenhoek (1632-
1723), qui observa des micro-organismes dans des eaux stagnantes, notam-
ment certains infusoires. On peut y ajouter aussi Francesco Redi (1626-
1698), à qui l'on doit les premières expériences infirmant la génération
spontanée des insectes.
Pour homogénéiser ces diverses contributions, John Ray effectua une
première tentative d’introduction d’un critère naturel de classification,
non pas uniquement fondé sur la seule forme extérieure des organismes
mais aussi sur leur structure anatomique adaptée. Ce critère allait trouver
un prolongement décisif avec Carl von Linné (1707-1778), qui dans son
système, exposé dans une œuvre fondamentale dont la première édition
remonte à 1736, regroupa les espèces semblables en genres, les genres
semblables en classes, et les classes semblables en ordres.
Prolongeant Bauhin, Linné étendait au monde animal une nomenclature
binominale (comme en botanique), où chaque espèce était définie par un
double nom latin, le premier terme indiquant le genre et le deuxième l’espèce.

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