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Cette classification en règne, phylum, ordre, classe, famille et genre, était
toutefois artificielle, puisque la nature n’organise pas une telle hiérarchie, et
que les catégories d’êtres vivants s’entrecroisent selon leur libre évolution
adaptative au cours du temps. Mais une telle classification statistique présen-
tait un intérêt, notamment didactique, pour ordonner les organismes, des
plus simples aux plus complexes, selon les concepts et les besoins humains.
Dans ce domaine, ont cohabité différentes écoles de taxinomie, qui
usaient de méthodes et de références différentes. L’école dite cladistique,
ou phylogénétique, visait à construire un système dans lequel les orga-
nismes étaient regroupés en catégories qui rendaient compte de leurs rap-
ports de parenté. Son fondateur, Willi Hennig, voulait transformer sa clas-
sification en modèle d’arbre généalogique, privilégiant les critères les plus
pertinents. Les caractères y étaient notamment analysés et classés comme
ancestraux, ou bien comme dérivés (c’est-à-dire comme caractères plus
avancés et plus modernes du point de vue évolutif). Ce critère temporel y
servait de guide pour la reconstruction phylogénétique et pour la défini-
tion systématique cladistique des animaux et des plantes.
De son côté, l’école phénétique considérait le plus grand nombre pos-
sible de caractères, indépendamment de leur signification évolutive, et les
classait selon des algorithmes mathématiques et statistiques (taxinomie
numérique). Elle renonçait a priori à opérer une reconstruction évolutive
prématurée des organismes, et préférait une classification pragmatique.
Mais une certaine incertitude demeurait, puisque les résultats des deux
méthodologies pouvaient être différents, et que chacun de ces deux sys-
tèmes de classification présentait à la fois des avantages et des limites.
Par exemple, la méthode phénétique ne fournissait pas d’informations
sur les relations de parenté qui existaient entre les organismes, et sa clas-
sification pouvait laisser de côté des caractères importants parce qu’ils ne
pouvaient faire l’objet d’une détermination numérique suffisante. Quant
à l’école phylogénétique, tout en étant plus objective, elle pouvait parfois
être incertaine, et présenter des lacunes, précisément parce que l’histoire
évolutive d’une espèce et ses rapports phylogénétiques avec d’autres es-
pèces n’étaient pas toujours assez clairement analysables.
C’est pourquoi une nouvelle école de classification, appelée taxinomie
évolutive, a introduit l’usage d'autres approches méthodologiques (l’ana-
lyse phylogénétique des caractères, et l’élaboration numérique), pour mieux
unifier en une seule méthode les apports des deux analyses précédentes.
En outre, un autre concept d’espèce, qualifié d’écologique, y a été proposé.

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